Юрий Петрович Щекочихин родился 9 июня 1950 года в городе Кировабаде Азербайджанской ССР (ныне — Гянджа, Азербайджан) в семье военнослужащего и учительницы.
В 1975 году окончил факультет журналистики Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова. Первую публикацию опубликовал в 14 лет в газете «Московский комсомолец». С 1967 по 1971 год работал стажёром, затем корреспондентом этой же газеты.
В 1972–1980 годах работал корреспондентом газеты «Комсомольская правда», был редактором легендарной страницы для подростков «Алый парус», а также инициировал создание одной из первых «горячих линий» для трудных подростков.
В 1980 году перешёл на работу в «Литературную газету» в качестве специального корреспондента, затем стал редактором отдела морали и права (впоследствии — отдела расследований) и членом редколлегии.
В годы работы в «Литературной газете» опубликовал ряд материалов, получивших широкую известность. В период перестройки одним из первых в советской прессе писал о расстреле рабочих в Новочеркасске, о Катынской трагедии, о делах, сфабрикованных спецслужбами против советских граждан, и о резонансных судебных процессах того времени.
Публикация 1988 года «Лев прыгнул» стала одним из первых крупных журналистских материалов в СССР, открывших тему организованной преступности и коррупции. После её выхода на государственном уровне усилилось внимание к проблеме организованной преступности и были инициированы меры по созданию специальных структур по борьбе с ней.
В 1989 году был выдвинут независимым кандидатом в депутаты Верховного Совета СССР и избран, опередив кандидата от партийной номенклатуры. В качестве депутата занимался вопросами реабилитации репрессированных, восстановлением исторической справедливости, а также участвовал в возвращении городу Луганску его исторического названия.
С 1995 года — автор и ведущий программы журналистских расследований «Специальная бригада» (ATV — ОРТВ).
С 1996 года работал в «Новой газете» в должности заместителя главного редактора и руководителя отдела расследований, затем занимал должности исполнительного редактора и заместителя главного редактора, курируя направление журналистских расследований.
В 1995 году был избран депутатом Государственной Думы РФ второго созыва по списку партии «Яблоко», а в 1999 году — депутатом Государственной Думы РФ третьего созыва. В Госдуме занимал должность заместителя председателя комитета по безопасности, занимался вопросами коррупции и организованной преступности, сотрудничал с международными правоохранительными структурами.
Щекочихин был также драматургом, прозаиком и сценаристом. Его пьесы ставились в театрах СССР, включая «Ловушка № 46, рост второй» и «Между небом и землёй».
По его сценариям были сняты художественные фильмы «Меня зовут Арлекино» и «Щенок», а также документальные фильмы, ставшие заметными произведениями своего времени.
Автор публицистических книг, включая «Рабы ГБ. Религия предательства» и «Забытая Чечня».
Скончался 3 июля 2003 года. Похоронен на Переделкинском кладбище в Москве.
Был женат дважды. Жёны — Мария Деева и Надежда Ажгихина. Сыновья — Константин и Дмитрий. Внучка — Елизавета Константиновна.